信用云々でみれば、正規ディーラーで買うのが確実です。サブディーラーの場合、本社のカスタマーセンターに問い合わせした場合、直轄のエリア本部経由で指示がなされるので対応の早さでみれば正規ディーラーのほうがいいでしょう。
あと、どこで買えば安いのか？とありますが、中古車なら安いでしょう（新車なのか中古車なのか記載されてませんので回答しようがないです。安さだけなら中古のほうが安いに決まってますので・・・）
とはいえ、それでは回答にならないので、以下は新車前提としたうえでアドバイスします。
まず、正規、サブ問わずに普通に安く購入できるとおもってはいけません。安く購入するのではなく、交渉し、値切って初めて安く購入できるとみてください。
軽自動車ゆえ、薄利なので、交渉もなしに単に安く。。。といった場合、全国区で値引きできませんとか、付属品から3万円分・・といったことしかいってきません。
それだけカモにされやすいということでもあります。
ですので、安く買うにはミラカスタムと同価格帯で同じタイプのライバル車と競合させなければなりません。
ミラカスタムは俗にいう、軽セダンタイプ（ムーブみたいなハイトワゴンタイプではない、高さが低い、昔ながらの車）なので、このタイプのライバル車をさがします。
あ、そうそう、ミラカスタムにおいても3グレードあり、ローエンドのＬ、もっともうれているＸ、ハイエンドのＲＳとありますので、これらから予算、装備内容を確認しておくべきです。（ダイハツ ミラカスタムで検索し公式ＨＰに飛んでオンライン見積もりをすることを推奨！）
一例としてもっとも売れているタイプである カスタムＸを例にした場合
本体で税込み１２４万円となってますが、これに登録諸費用をいれた場合、そのままの場合で１４０万円前後になるはずです。
まずはこのスッピンの状態で実際にディーラーに赴き、見積もりをとります。
その際に、”フロアマット”も含めて付属品は一切なし、車庫証明、納車費用に関してもカットすることを強く主張しましょう。カットできないということは無く、ディーラーが拒否すれば自販連のルール違反となります。
値引きが少ない軽自動車ではこの車庫証明と納車費用のカットだけで2万ちかいカットとなるのですごく大きいです。
その上でライバルとなる他社の同タイプの車も同様の方法で見積もりをとります。
ちなみにこの手のライバルとなると・・・・
・ＨＯＮＤＡのライフＤＩＶＡが126万円
http://www.honda.co.jp/LIFE/life-diva/
（ミラカスタムがいわゆるエアロ系となるのでライフもＤＩＶＡで対抗ということになります）
・スズキでしたらセルボのＴＸで1257900円
http://www.suzuki.co.jp/car/cervo/grade_price/index.html
もしくはお得な限定仕様車のG LimitedⅡの1110900円
もしくは毛色がことなりますが、
・スズキラパンのＸ ＣＶＴ仕様で1222000円
http://www.suzuki.co.jp/car/lapin/grade_price/index.html
あたりを競合としてだすとよいでしょう。
ワゴンＲはハイトワゴン系になり、値引き交渉では効果が薄い点、
セルボは価格帯が同じですが、ミラより人気がない。かわりにフルチェンしたてのラパンもリストに上げて、ミラに対してラパンかセルボのどちらかを・・・と言っておき競合しているのをにおわせるとよいです。
（ただし、あくまでも値引きの出汁に使うための商談なので、タイプが合わないといったことで商談しないのはタブーです）
他にも日産や三菱の同タイプもありますが、あまり多くしても苦労するだけですので、
個人的にはスズキｖｓダイハツの二強による争いにくわえ、比較的軽にちからをいれているホンダといった具合で競合させるのがアリではと思います。
いずれにおいても、初回見積もりは、車庫証明、納車費用カットは当然。フロアマットも付けない状態で見積もりし、そこからどれだけ引くのかを提示し、”素の状態での総支払額”をだしてもらいましょう。
順番ももっとも買わない車からはじめて、その次、そして最後のミラカスタムという順でいけば、他の店では・・・といった文言で最初から素の状態で競合できるので、初回値引きも3万程度からうまくすればすこしあがる可能性がでてきます。
その後、カタログを参照し、追加でつけたいオプションを選択します。
なお、他社で標準装備となっている、ミラカスタムでつけたいオプションがあった場合は、それを値引き交渉のネタにつかえますので、必ずメモしておきましょう。
（例としてはライフにはバックモニターがついてるがミラにはついてないとか、セルボＧリミテッドⅡは本体価格がやすいのに装備が充実してる。とか、本革巻のステアリングホイールなのにミラはウレタン・・・とか）
その上で2回目の商談でミラでつけたい装備品をチョイスした状態のライバル車の見積もりをとり、付属品込みでの値引きを提示してもらい、あとは1回目と同じ・・・
そして最後に3回目としてミラに決めたが、もう一声（付属品1品サービスとか、車庫証明手続きはやっぱりサービスとかガソリン満タンでといったオヤクソク）いかないとはんこが押せない。なんとかおねがいしたいといった営業をじらす方法でのぞみ、ＯＫとなったら必ず契約をしましょう。
以上のことから、信頼度、アウターサービスの観点上、正規ディーラーで、値引き交渉をするというのが回答となります。
