スーツ専門店に勤めていました。
レディースリクルートも扱っていました。アドバイスするためにちゃんと研修も受けました。結果から言うとパンツスーツでも全然問題ありません。
実際パンツのリクルートスーツも売られています。
ただアドバイスとしてではありますが、面接の場は自分をアピールする唯一の場で、限られた時間内に最大限自分を良く見せる工夫をしなければなりません。
自分をプレゼンするという側面で考えた場合、重要なのはパンツスタイルが自分の演出したいイメージと合っているかどうかです。
一般的にパンツスタイルはきびきびして元気のいいイメージです。そういう印象を持ってもらうことが自分にとって有利であれば積極的に活用するべきですが、もし質問者様がおっとりとした女性らしさが武器なタイプだとすればスカートの方がいい印象を与えます。
パンツにするかスカートにするかは、どちらのイメージの方がより自分らしさをアピールできるかで決められた方がいいと思いますよ。