私はE席(2列窓側)を取ります。東海道新幹線に明るい時間に乗るときは,E席だと富士山が見えるので。
エクスプレス予約で席番リクエストをするとわかりますが,たいていは2列席から埋まっていきますね。2人で予約する人はもちろん,1人で予約する人もD席かE席にする人が多いようで,2列席から埋まっていきます。
A席(3列席窓側)にすると,確かにB席(3列席中央)が空席になることが多いですが,混雑時はB席もC席も埋まってしまいます。そうすると,トイレに立つのが面倒になります。トイレに行きたいときに限って,B席・C席のどちらか(もしくは両方)の人が寝ていることが多かったりします(笑)。
E席だと比較的トイレに立ちやすいです。