私はおかしくないと思います。
体育会系出身の人だと、日常的な挨拶が「お疲れ様です」なので気にしない人が多いです。(他に言葉がありませんからね。でも挨拶は基本だし。)
でもそれを知らない文化系だけのひとだと、「疲れてないのに」と違和感を感じる人もいるようです。
全部「おはようございます」とあいさつする業界もありますけど、それも知らない人から見たら変ですよね。
まぁ「お疲れ様です」をよく使う人も結構いるので大丈夫だと思います。
少しでも気になるようだったら、「お世話になってます」「いつもありがとうございます」等と言いかえればいいと思います。