簡単に言ってしまえば規約が違うだけです。
ペットNGの物件では、どんなペットであれ、飼育したら規約違反で退去を求められる可能性がありますが、ペットOK物件ならその心配はない(勿論飼えるペットの制限等の細則厳守ですが)というだけです。
最初からペット飼育を前提にしていて、それに適した建材を使っていたり設備が整っているペット共生型マンションのような物件もありますが、特にそういった工夫のないペットOK物件もあります。
かつてはペットNGだったが、立地条件や築年数などによって入居者確保が難しく、仕方なしにペットOKにしたなんて物件もありますので、構造の違いは必ずしもあるものではありません。